當(dāng)水的pH值低于5.0或高于9.6時(shí)，有害作用將變得明顯。由于它們適應(yīng)更高的pH值，因此在海水魚(yú)中，由于酸化引起的不良影響更為明顯。當(dāng)pH值低于zui佳水平時(shí)，魚(yú)類(lèi)容易受到真菌感染和其他物理?yè)p害的影響。隨著水的pH值下降，碳酸鈣的溶解度降低，抑制了水生生物中殼的生長(zhǎng)。通常，魚(yú)的繁殖在pH值低于5.0的情況下會(huì)受到影響，許多物種（例如咸水魚(yú)或敏感的淡水魚(yú)，例如小嘴鱸魚(yú)）將離開(kāi)¹¹地區(qū)。當(dāng)pH值降至4.0¹²以下時(shí)，魚(yú)開(kāi)始死亡。

低pH值會(huì)促使重金屬12溶解。隨著氫離子含量的增加，鋁，鉛，銅和鎘等金屬陽(yáng)離子會(huì)釋放到水中，而不是被沉積物吸收。隨著重金屬濃度的增加，其毒性也增加。鋁可以限制生長(zhǎng)和繁殖，同時(shí)以低至0.1-0.3 mg / L²的濃度增加死亡率。此外，生物在呼吸過(guò)程中會(huì)吸收動(dòng)員的金屬，從而造成生理?yè)p害²2。這對(duì)虹鱒13等物種特別有害。

另一方面，高pH值會(huì)損害水生生物的g和皮膚，并導(dǎo)致超過(guò)10.0的水平死亡。盡管一些非洲麗魚(yú)科魚(yú)在高pH值（高達(dá)9.5）下壯成長(zhǎng)，但大多數(shù)魚(yú)卻不能忍受它們。如果水中有氨存在，甚至在標(biāo)準(zhǔn)水平（9.0）處也可能發(fā)生死亡。在低和中性的pH值下，氨與水結(jié)合生成氨離子：

NH3 + H2O <=> NH4 + + OH –

NH4 +銨是無(wú)毒的，不會(huì)影響水生生物。但是，當(dāng)pH值超過(guò)9時(shí)，方程式反過(guò)來(lái)，氨釋放到水中。氨氣NH3對(duì)水生生物具有劇毒，并且隨著pH值的升高，死亡率隨NH3濃度的升高而增加。

在生態(tài)系統(tǒng)方面，當(dāng)水的pH值低于5時(shí)，苔蘚可能開(kāi)始侵入水體。在富營(yíng)養(yǎng)化的湖泊中，耐pH的藻類(lèi)可以占主導(dǎo)地位，將pH值推至?xí)円沟膠ui高和zui低值，形成藻類(lèi)花并可以殺死它們。湖¹?。